九宸之下尚设九司、三省、三府，犹如一套组织严密的中央政府机构。九司的主神为玉府判府真君、玉府左右待中、玉府左右仆谢、天雷上相玉枢使相、斗枢上相上清司命玉府右卿、五雷院使君、雷霆都司元命真君。“此皆雷霆之枢要，故谓之九司，并用申之。另有五方雷王、五方雷霆大帝，亦申之。”又有三省，即雷霆泰省、雷霆玄省、雷霆都省，皆有神主其事，行神霄雷法。正如所说：“日宫太阳帝君，雷霆赖以威。月府太阴皇君，雷霆赖以神。北斗九皇真君，雷霆赖以枢辖。在昔元始天尊敕太清无上元君，令九州都仙太史高明大使，判雷霆泰省事;太上玉京左宫仙翁，判雷霆玄省事;三天扶教辅元大法师，判雷霆都省事。复以浮丘大仙佥事雷霆三省事。自余以次，官曹并领所治，或曰兼司，或曰分司，其所出治，或巡察官司，则曰行司。四官阙员，皆应选人。往昔劫中曾已选迁，是此四官复当降世，领户化民，功成复还所治。”
九司、三省主理神霄府之政务，另有四府，则专司调兵遣将，制邪破狱，收摄群魔，其功能相当于兵部、刑部。曰：“北极紫微大帝统御三界，掌握五雷，天蓬君、天猷君、翊圣君、玄武君分司领治，天罡神、河魁神，是为召雷檄霆之司，九天流金火铃大将军、天丁力士、六丁玉女、六甲将军，是为节度雷霆之使。九天啸命风雷使者、雷令使者、火令大仙火伯、风令火令风伯、四目皓翁、苍牙霹雳大仙，是为摄辖雷霆之神。火伯风霆君、风火元明君、雷光元圣君，雨师丈人仙君，是为雷霆风雨之主，中有三五邵阳雷公火车铁面之神，中有负风猛吏银牙耀目飚火律令大神，狼牙猛吏大判官，五雷飞捷使者，五方雷公将军，八方云雷大将，五方蛮雷使者，三界蛮雷使者，九社蛮雷使者，实司其令，用赞其权。”这段记述十分重要，因为它几乎包括了神霄雷部的主要神真。
神霄雷霆的主帅即为天蓬、天猷、翊圣、玄武四大元帅，合称北极四圣。卷一六九曰：“夫四圣元帅者，妙德贯于三界，威灵建乎八弦，为斗罡之大帅，实北帝之雄神，部辖四天丁，考召诸魔鬼。”说：“四圣元帅，永镇玉帝殿下，统摄三界妖邪，每岁常乃降于人间，察人善功，赐人昌吉，保持帝祚，覆阴群迷，断绝恶根，增延禄寿。”其曰：“仰启北方四元帅，束缚群魔大圣尊。披头仗剑伟形容，百万天兵常拥护。天蓬天猷除凶恶，翊圣真武赐吉祥。臣今伏愿降灵坛，一切灾厄自消散。”并讲述了他们各自的形象。
第一是北极天蓬大元帅，他“现三头六臂之威容，运七政八灵之洪造，帝钟才震，万圣齐临;钺斧轻挥，群魔碎灭，神光赫赫，常救护于众生;真性巍巍，誓永兴于正道。”卷一七一曰：“天蓬大元帅为嗣教外台卿，别有神局，是阴治之有司，号北极驱邪院，如世之殿师，兵府是也。其中皆是阴治主者，乃地界法官是其任也。以举仙官为任，使拯治阴魔，禁御万杀，承阳宣化，保宁山川，生育万汇，皆荷道化。”同书卷二一七曰：“天蓬元帅三头六臂，赤发，绯衣，赤甲，跣足;左一手结天蓬印，右一手撼帝钟;又左一手执斧钺，右一手结印擎七星;左一手提索，右一手仗剑，领兵吏三十六万骑，雷公电母，风伯雨师，仙童玉女，羽衣赫赫，各持金剑，乘北方太玄煞气、黑气，气中有五色气，从空降坛。”亦述天蓬英武仪貌：“三头六臂，执钺斧、弓箭、剑、铎、戟、索六物，身长五十丈，黑衣玄冠金甲，领神兵三十六万众。”
考“天蓬”一名，本为星宿神之称。卷一七二说：“北斗九宸，应化分精，而为九神也。九神者，天蓬、天任、天衡、天辅、天英、天内、天柱、天心、天禽也。谓顺支辰，总御阴阳，契合天地，主张造化，乘三明以应四时，随月建以定八节，历九宫也进退。”即是以天蓬为北斗九宸之首辅，主四时八节、阴阳造化之政。
道书中首载天蓬者为卷二，但已演变成为道教存思之身神。文中曰：“次思赤气从兆泥丸中入，兆乃口吸神云，咽津三过，结作三神，一神伏如天蓬大将，二神待立。”并附有存思图，其天蓬大将双手抱于胸前，身披金甲，面容英俊，其形象和善可亲，乃人体脑部泥丸君的化身。卷一七一曰：“北斗七晨，一曰九星。泥丸九宫中有帝席，魂神魄灵，分化列位，隐名曰天蓬，亦曰太微神。事见、及也。”凡欲修持天蓬大法，“须平旦入室朝修，未出户之时，以净水一钟，安神尺于水钟之上，俱置天蓬元帅真形前。次安九天宝印，在水钟下。然后二手结元帅印，存见五脏分明，六甲五脏分明，六甲六丁待卫。次存九晨自北方玄虚中来罩兆顶，紫气出于泥丸后户。盖于泥丸中有天蓬大元帅，长九尺，存之分明良久。先叩齿九通，念净天地神咒。又叩齿五通，念天蓬安神咒，咽津五过。毕，再叩左齿，撞天钟;后叩右齿，鸣天磬;次叩中间二齿，击天鼓，各七通。然后微咒之，务以数多立限，若至万遍，功德满足，邪鬼魔精凶恶妖怪，闻名即去，万病千殃，传言即愈，能令枯木生花，竭水涌泉，破五鬼疫疠，降六天故气，半天五酉、山魈妖狐，随咒绝其影响矣。用印封锁鬼洞，伐戮蛟螭，通达章词，无截遏之侮，吞佩贴镇，有起死之功。”
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